Le budget du Collectif Interassociatif Sur la Santé s'est élevé en 2009 à environ 2 millions d'euros.

Il a été financé de la manière suivante :

- Direction générale de la Santé (DGS) : 75 %    
- CNAMTS : 10.5 %    
- Conseil régional et CDVA : 2.5%    
- Autres subventions publiques : 1 %
  Total Fonds publics :    89 %
  
- Conseil national de l'Ordre des Pharmaciens (CNOP) : 1 %    
- Malakoff-Médéric : 1.5 %    
- Fondation Pfizer : 1 %    
- Caisse nationale des Caisses d'Epargne (CNCE) : 0.5 %   
  Total Fonds privés :       4 %

- Cotisations associations : 0.8% %
- Valorisation du Bénévolat : 6 %    
- Divers : 0.2 %   
  Total Autres apports :    7 %

Tableau de décomposition des financements du budget du CISS en 2009 (pdf)

Graphique de répartition des financements du CISS en 2009 ci-dessus (pdf).